Általánosságban tudok válaszolni a kérdésre (nem konkrétan a növényekre szűkítve). Az anatómia belső felépítéssel, struktúrával foglalkozik (a görög "vágni" szóból származik). A morfológia a formára, alakra, külső megjelenésre koncentrál. Szerintem az anatómia jóval tágabb fogalom, és fontos része a morfológia.
Remélem egy hozzáértőbb majd pontosít.